所加工原料含有适宜的水分，秸秆颗粒机才能加工出理想的生物质燃料，即可以达到理想的成型效果。合适的水分含量，一方面能传递压力，另一方面有润滑剂的作用，辅助粒子互相填充、嵌合，促进原料成型。含水率过高或过低都不利于压缩成型。不同的成型方式，对原料含水率的要求也不尽相同。一般要求农作物秸秆的含水率小于15%，从自然界中收集的生物质原料含水率多为20%～40%，高者可达55%，因此需要对原料进行干燥处理（根据原料所具有的几何形状与大小，可以选择适宜的烘干设备进行水分处理。）
原料含水率过高时，水分容易在颗粒间形成隔离层，使得层间无法紧密结合；一部分热量消耗在多余的水分上；加热产生的蒸汽来不及从成型筒排出，体积膨胀，在成型筒的纵向形成很大的蒸汽压力，轻者使产品开裂，重者产生“放炮”现象，不能成型，还会危及人身安全。
原料含水率太低，不利于木质素的塑化和热量传递，不易成型。微量的水分可促进木质素的软化和塑化；水分作为润滑剂在生物质团粒间流动，降低了团粒间的摩擦力，通过压力作用与果胶质和糖类物质混合形成胶体，发挥黏结剂的作用，易于滑动而嵌合。
秸秆颗粒机加工生产新型环保燃料是，所加工的原料水分含量一定要控制好，这样不但可以预防一些不必要的麻烦出现，而且可以实现高效生产，实现理想成型，并且还可以将秸秆，棉杆等原料的使用商机推到高峰。
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